Dans un futur proche, Tôkyô est dévastée par un terrible tremblement de terre. Sept ans plus tard, une nouvelle Cité, MegaTôkyô, est bâtie sur les ruines par le biais d'investissements privés d'une multinationale aussi prospère que secrète : GENOM. Cette dernière est responsable de la création et de la production de masse de puissantes créatures biomécaniques du nom de Boomers, destinées à servir le développement industriel de la ville naissante et étendre son emprise sur le monde entier. Mais les Boomers échappent rapidement à tout contrôle et l'AD Police est appelée à la rescousse. Le combat s'avère plus difficile que prévu. Quatre jeunes filles vêtues d'armures s'unissent alors clandestinement pour lutter contre cette nouvelle menace sous le nom de « Knight Sabers »…

Jack est un samouraï banni par Aku, une entité maléfique. Le samouraï n'ayant pu détruire Aku, son futur est tout entier sous la coupe du mal. Son objectif est dès lors de retourner dans le passé afin d'empêcher son funeste destin.

Gon Freeccs a presque douze ans, et son rêve est de devenir hunter (chasseur en anglais). Les hunters sont des aventuriers d’élite qui peuvent être chasseurs de prime, chefs-cuisinier, archéologues, zoologues, justiciers ou consultants dans divers domaines. Son père, Jin Freeccs, qu’il ne connaît pas directement, est l’un des plus grands hunters de son temps. C’est aussi pour le retrouver que Gon veut devenir hunter. Cependant l’examen de hunter, qui a lieu chaque année, est extrêmement difficile et périlleux. On dit qu’un candidat sur 10 000 arrive sur le lieu des épreuves et qu’un seul candidat tous les 3 ans devient hunter à sa 1ère tentative. Durant les épreuves, il n’est pas rare d’être blessé, voire tué par des monstres, des pièges ou même d’autres concurrents…

Dans le quartier Otaku qu'est Akihabara, un groupe d'amis modifient leur micro-ondes de manière à en faire un dispositif qui leur permet d'envoyer des emails dans le passé. Une organisation, la SERN, a mené différentes recherches à propos des voyages temporels. À présent, le groupe, ayant effectué plusieurs expériences diverses, doit absolument éviter de se faire capturer par cette organisation qui les perturbe en les traquant...

Kotaro Takamiya, scientifique renommé, est un jour kidnappé par des hommes de l'Empire des Machine alors qu'il est en pleine conférence. Son petit frère, Teppei, tente aussitôt de le secourir mais il est rapidement éjecté du BT à bord duquel le kidnappeur s'enfuit. Tombé dans une décharge et menacé par des soldats, Teppei se demande alors comment il va bien pouvoir retrouver son frère, jusqu'à ce que son sang éveille X, un puissant BT disparu depuis des années.

Plusieurs dizaines d'années après la conclusion de Yu-Gi-Oh! GX, le jeu Duel de Monstres a changé ; les « Rinding Duels (Turbo Duels) » révolutionnant les duels dans 5D's. Ces duels sont joués dans des stades géants, et les duellistes font de la moto équipée pour les duels, appelés D-wheel (Duel Runners). Domino City a aussi changé sous la direction du chef des forces de sécurité, Rex Goodwin. De riches et puissantes personnes vivent dans ce qui est maintenant connue comme la Nouvelle Domino City, alors que les plus pauvres ont fui et vivent principalement dans les bas-fonds connus sous le nom de Satellite.