Dans un monde parsemé d'horribles démons se délectant des âmes de leurs innocentes victimes, l'université Shibusen forme des chasseurs de démons, les Meisters. Chaque Meister se voit confier une arme qui a la capacité de prendre forme humaine ; on appelle ces armes des Soul Eaters, car elles se repaissent littéralement des âmes des démons (œufs de Kishin) qu'elles tuent. Une fois qu'un Soul Eater a mangé quatre-vingt-dix-neuf œufs de Kishin, il doit avaler une âme de sorcière afin de prétendre au titre de Death Scythe (« faux de la mort »)… C'est le but que poursuivent la jeune Maka (fille modèle d'une Meister et de son Soul Eater) et sa grande faux Soul, aux apparences de gamin rebelle et dont le but dans la vie est d'être le plus « cool » possible… Ce duo improbable sera bientôt rejoint par d'autres : Blackstar, le ninja égocentrique armé de la pulpeuse Tsubaki (une double-faucille reliée par une longue chaîne), et Death the Kid, le fils du fondateur de l'université Shibusen qui manie les sœurs Thompson lorsque celles-ci prennent la forme de revolvers.
À Daten City, entre Paradis et Enfer, de sinistres "fantômes" se nourrissent de désirs et ressentiment humains.Deux êtres mystérieux surgissent pour anéantir ces fantômes par leur lumière divine : Panty & Stocking.Les deux sœurs et anges déchus doivent débarrasser la Terre des ténèbres.Mais qui sont-elles ? Messagères de Dieu ou agents du Diable ? Les sœurs affrontent des forces surnaturelles.
De nos jours, des esprits monstrueux viennent parfois semer le trouble sur Terre. Appelés les « Impurs », ils surgissent d’un univers parallèle intitulé « Magano ». Pour les combattre, des exorcistes (ou Onmyôji) sont chargés de les purifier. Rokuro Enmadô est un collégien qui possède toutes les capacités pour devenir un grand Onmyôji, mais il reste traumatisé par un événement lié à ses pouvoirs. C’est alors qu’arrive Benio Adashino, une jeune fille présentée comme son étoile jumelle par une mystérieuse prophétie. Rokuro décide alors de reprendre le combat, porté par un esprit de vengeance…
Adolescente somme toute ordinaire, Saya Kisaragi semble jouir d’une existence privilégiée : un père aimant, des amis dévoués, une existence paisible. Toutefois, à la nuit tombée, maniant habilement son sabre, elle combat diverses créatures mangeuses d’hommes. Si la jeune fille parvient à concilier sa vie diurne et nocturne, de minuscules fissures commencent progressivement à altérer et perturber son quotidien, sans qu’elle puisse en discerner l’origine.
Autrefois, les sorcières guidaient les humains, mais lorsque l’empire Redia a développé la science, ses dirigeants ont décidé de se passer d’elles. Considérées alors comme une menace contre l’évolution de la civilisation, elles ont été persécutées par les hommes. Adonis, qui apprenait la magie auprès de la sorcière Chloé, a été le témoin tragique de cette chasse. Enfermé en prison, il n’a qu’une idée en tête : se venger.
Alors que les démons se sont réveillés et que l'humanité est dans la tourmente, un jeune démon sensible est poussé dans une guerre brutale contre le mal par son ami Ryo.
Frappé d'amnésie, Caïman s'associe à son amie Nikaïdo pour tuer le mage qui l'a transformé en reptile. Dans la cité de Hole, c'est une déclaration de guerre.
En 2024, des monstres infâmes rôdent dans un Japon en ruines, alors que les survivants se rassemblent pour tenter de retrouver une vie normale. Kiruko accepte la dernière volonté d'une femme : elle doit emmener un garçon appelé Maru vers le « paradis ».