Grâce à la Leo Corporation, dirigée par Reiji Akaba, de nouvelles avancées technologiques, comme la Solid Vision, un système holographique qui donne vie aux Monstres de Duel, donnant aux Monstres une masse physique et des environnements, laisse les joueurs interagir directement avec eux.
Cela a donné naissance aux Action Duel, dans lesquels chaque duelliste peut traverser différents environnements pour localiser des Cartes d'Action pour les aider lors d'un moment critique.
L'histoire suit Yûya Sakaki, un élève de seconde année au collège You Show Duel School de la ville de Maiami, dont le père a subitement disparu trois années auparavant alors qu'il devait participer à un duel très important. Durant son combat contre le champion actuel des Action Duel, Strong Nishijima, Yûya éveille un nouveau pouvoir de par le biais de son pendentif, connu comme l'Invocation Pendulum.
Yûma Tsukumo est considéré comme le « bad-boy » numéro un de son lycée et rêve de devenir un champion du duel de monstres. Un jour, Ryouga Kamishiro, un duelliste qui avait vaincu un autre élève, lance un défi à Yûma suite à ses provocations. Durant le duel, une lumière étrange apparaît, une entité connue sous le nom d'Astral… Une nouvelle aventure commence…
Plusieurs dizaines d'années après la conclusion de Yu-Gi-Oh! GX, le jeu Duel de Monstres a changé ; les « Rinding Duels (Turbo Duels) » révolutionnant les duels dans 5D's. Ces duels sont joués dans des stades géants, et les duellistes font de la moto équipée pour les duels, appelés D-wheel (Duel Runners). Domino City a aussi changé sous la direction du chef des forces de sécurité, Rex Goodwin. De riches et puissantes personnes vivent dans ce qui est maintenant connue comme la Nouvelle Domino City, alors que les plus pauvres ont fui et vivent principalement dans les bas-fonds connus sous le nom de Satellite.
Sur une île coupée du monde, se trouve la Duel Academy, une école formant une nouvelle élite de duellistes. Jaden Yuki, un jeune garçon très doué, intègre le prestigieux internat dont il découvre vite l'étrange univers. Ainsi, les étudiants sont répartis en fonction de leurs résultats aux examens : les meilleurs résident à l'Obélisque Bleu, les moyens dans le dortoir Râ Jaune et les duellistes les plus nazes croupissent dans le dortoir Slifer Rouge dans lequel se trouve Jaden.
Les conflits entre les trois groupes risquent de grimer d'un cran. En effet, grâce à l'arrivée du jeune garçon, la domination des bleus est sur le point d'être renversée…
Kagome, jeune Japonaise de 15 ans, mène une vie paisible au sein de sa famille auprès d’un temple de Tokyo jusqu’au jour où tombant dans un puits, elle fait un bond dans le temps et se retrouve à l’époque Sengoku dans un Japon où monstres et esprits malins abondent. Elle fait alors la rencontre d’Inu-Yasha, un être hybride tenant à la fois de l’humain, du chien et du démon. Celui-ci est à la recherche de la perle de Shikon. A la suite de péripéties, la perle de Shikon est éclatée et Kagome se retrouve en la possession d’un de ses fragments… Kagome et Inu-Yasha vont être contraints de faire équipe pour retrouver les parties manquantes de la perle de Shikon. Sans cesse oscillant entre Japon moderne et Japon féodal, l’aventure peut alors commencer !
En effervescence depuis la défaite de leur souverain, le monde démoniaque organise un tournoi, espérant ainsi élire son digne successeur. Helck, un illustre guerrier, à ce jour invaincu, semble prédestiné à remporter la victoire. Bien que clamant son aversion pour l’humanité, ses motivations ambiguës suscitent l’inquiétude de Vamirio, organisatrice de la compétition, résolue à l’évincer coûte que coûte.
Haruka, un lycéen marginalisé et ignoré par ses pairs, se retrouve soudainement projeté avec toute sa classe dans un univers inconnu. Alors qu’un étrange dieu leur offre à chacun une aptitude qui leur permettra de survivre, quand vient le tour de l’adolescent, il constate avec amertume qu’il ne reste que des capacités insignifiantes. Dans un élan de miséricorde, la divinité lui accorde les derniers pouvoirs disponibles, dont la compétence « solitaire » le condamnant dès lors à affronter seul les dangers de ce nouveau monde…
Nous sommes en 2020. Les humains ne peuvent désormais plus se passer du réseau dans leur vie quotidienne. Mais ils ignorent que, de l'autre côté, existe le Monde Digital, un royaume entre ombre et lumière. Ils ne connaissent pas non plus l'existence des Digimon qui y vivent. Tout à coup, le réseau connaît plusieurs dysfonctionnements. Le jeune Taichi Yagami est resté chez lui pendant que sa mère et sa petite sœur sont parties pour le quartier de Shibuya. Mais leur train ne s'arrête plus et tandis que Taichi part vers la gare pour essayer de les sauver, un phénomène étrange le transporte dans le Monde Digital. Il fait alors la connaissance de son nouveau partenaire, Agumon…
Après avoir obtenu son diplôme de fin d'études secondaires, Natsuko Hirose commence sa carrière en tant qu'animatrice. Son talent s'épanouit rapidement et elle fait ses débuts en tant que réalisatrice en un rien de temps. Son premier anime devient un énorme succès, déclenchant un phénomène social et lui valant d'être reconnue comme une réalisatrice de génie en devenir. Son prochain projet devrait être une comédie romantique sur le thème du premier amour ! Cependant, n'ayant jamais été amoureuse elle-même, Natsuko a du mal à comprendre le concept du premier amour, et par conséquent, elle est incapable de créer le storyboard, ce qui entraîne l'arrêt de la production du film.