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Alors qu'une prophétie funeste plane sur le paisible royaume de Britannia, un garçon au cœur pur se lance dans un périple captivant de découverte... et de vengeance.

Kôjirô Shindô travaille pour le ministère des Affaires étrangères. Tandis qu’il part en voyage d’affaires en avion, un mystérieux cube apparaît dans le ciel, absorbant l’appareil et tous ses passagers. Ce cube porte un nom : « Kado ». À l’intérieur, un être extraterrestre, Yaha-kui zaShunina, annonce qu’il va s’immiscer dans les affaires du Japon. Shindô endosse le rôle de médiateur, mais le gouvernement décide d’envoyer une femme, Saraka Tsukai...

Raki est un jeune garçon qui a vu récemment mourir ses parents des mains d’un Yoma. Ces êtres démoniaques se font passer comme les prédateurs des humains. En raison de leurs capacités à prendre l’apparence de n’importe quel humain ainsi que leur mémoire et leur comportement, il est impossible pour une personne normale de les distinguer. Le seul moyen connu pour éradiquer la menace des Yomas est de demander l’aide d’un mystérieux groupe : les Claymores. Ceux qui le constituent sont toutes des femmes mi-humaines mi-Yomas vivant en marge de la société car craintes des humains en raison de leur origine et de leur apparence. En effet, un des détails qui les caractérise sont leurs yeux argentés qui changent de couleur lorsqu’elles combattent un Yoma. Afin d’éliminer le Yoma qui se trouve dans le village de Raki, le chef de celui-ci fait alors appel à cette organisation. C’est ainsi que le jeune orphelin fera la connaissance de Claire, une Claymore qu’il suivra dans ses missions ce qui lui permettra de voir si les Claymores sont aussi inhumaines qu'on le prétend.

Dans une ville flottante où les riches se débarrassent de leurs déchets, comme de leurs habitants indésirables, Rudo est accusé de meurtre et jeté dans la Fosse où vivent des créatures mutantes. Pour survivre, il doit révéler un nouveau pouvoir et rejoindre les Nettoyeurs. Rudo ne cherche pas seulement à combattre les monstres, mais aussi les personnes corrompues qui l'ont jeté dans cet enfer.

Une mystérieuse flotte navale a pris le contrôle des océans. Seules quelques filles, possédant l’esprit de guerre des grands navires d’antan, sont capables de contrer cette menace. Notre histoire commence lorsque Fubuki arrive dans la base de Chinjufu où s’entraînent et vivent ces combattantes des mers...

Dans le petit village paisible de Kanna où les habitant cultivent principalement du riz, des bandits viennent récupérer le riz comme à chaque récolte. Mais en plus de prendre le riz des villageois, les bandits enlèvent désormais certaines femmes du village. Les paysans, ne pouvant plus vivre de la sorte, ils font appel à des samurais pour les défendre. Rikichi un paysan accompagné de Kirara la prêtresse du village partent alors en ville à la recherche de samurais. Mais la tache n'est pas facile étant donné qu'ils n'ont que du riz à offrir à ces samurais en récompense.

La Terre est dévastée à la suite d'un conflit qui a eu lieu il y plusieurs centaines d'années. Les pillards et la violence règnent sur le désert du Grand Kanto.