5012 AD. Des extraterrestres ont soudainement envahi la Terre en envoyant des formes de vies mécaniques. L'humanité est sur le point de disparaître, mais réfugié sur la lune, un petit groupe organise la riposte en créant des soldats androïdes. Cependant, ils ne font pas le poids face à un ennemi pouvant se démultiplier à l’infini. Dernier espoir, une nouvelle génération d'androïdes féminins : l’unité Yorha. 2B. Pourront-elles reconquérir la Terre ?
Après la Troisième Guerre Mondiale, certaines formes d'Intelligences Artificielles se sont retournées contre leurs créateurs. L'une des meilleures escouades du monde tente de rétablir la paix. Dans cet affrontement entre IA, quel camp va triompher ?
Au pied de la ville d’Orse s’étend l’abysse, une faille gigantesque à la profondeur inconnue habitée par d’étranges créatures et emplie d’antiques reliques. Depuis des années, ce gouffre attire de nombreux aventuriers séduits par l’aura de mystère qui l’entoure. On les appelle « les caverniers ». C’est ici que vit Rico, une jeune orpheline obsédée par l’Abysse et désirant marcher dans les traces de sa mère. Un jour, lors de ses prospections, elle découvre le corps inanimé d’un jeune garçon. Elle n’imagine alors pas à quel point cette découverte va changer sa vie et accélérer son destin...
Simon et Kamina vivaient dans un petit village souterrain, lorsque l'apparition soudaine d'un robot gigantesque, appelé un « Ganmen », et celle de Yoko, une ravissante jeune fille armée d'un puissant fusil à supraconduction, brisa leur routine quotidienne. Ils attaquèrent et détruisirent le robot ennemi. Leur élan les propulsa vers la surface d'un univers inconnu rempli de dangers et d'aventures. Dans ce monde nouveau, nos héros devront s'élever contre la tyrannie que Lord Genome, surnommé le Roi Spirale, impose sur la race humaine. Leur lutte traversera les époques et sera pleine de sacrifices. C'est l'histoire d'un homme qui ignorait encore le tournant qu'allait prendre sa propre destinée !
L'histoire se déroule en 2062, alors que l'Humanité est en guerre depuis 20 ans contre Artemis, une puissante IA qui s'est rebellée contre ses créateurs.
Empress, une jeune amnésique, se réveille dans une base souterraine. Elle est l'une des Protectrices de l'Humanité, mais elle n'a aucun souvenir antérieur à son réveil. De plus, celles qui devaient être ses alliées, Dead Master et Strength, semblent prêtes à tout pour lui mettre des bâtons dans les roues.
En 2072, le monde a trouvé une solution pour les problèmes liés à la consommation énergétique grâce aux coils qui font maintenant office de batterie et autres systèmes d'alimentation. Cependant, il existe des trafics illégaux de ces coils et Kyoma Mabuchi, malgré être peu fan de cette technologie, gagne sa vie en récupérant des coils illégalement. Mais alors qu'il était en chasse de nouvelles ressources, il fait la rencontre d'une mystérieuse jeune fille du nom de Mira qui se trouve être, en réalité, une androïde recherchée. Cette rencontre va alors complètement changer son quotidien...
Pour échapper à de multiples catastrophes pouvant se produire n’importe où et n'importe quand, les habitants de la planète Terra n’ont pas d’autres choix qu’une vie de nomade. Chaque site frappé par ces catastrophes laisse derrière lui un mystérieux minerai, l’originium, source d’énergie providentielle, mais aussi responsable d’une maladie qui cristallise les corps. Les personnes infectées sont généralement soumises à l'isolement, quand elles ne sont pas persécutées ou envoyées au travail forcé. Mais des voix s’élèvent contre le traitement qui leur est réservé, notamment l’organisation Rhodes Island qui cherche un remède contre cette maladie…