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Nous sommes en 2020. Les humains ne peuvent désormais plus se passer du réseau dans leur vie quotidienne. Mais ils ignorent que, de l'autre côté, existe le Monde Digital, un royaume entre ombre et lumière. Ils ne connaissent pas non plus l'existence des Digimon qui y vivent. Tout à coup, le réseau connaît plusieurs dysfonctionnements. Le jeune Taichi Yagami est resté chez lui pendant que sa mère et sa petite sœur sont parties pour le quartier de Shibuya. Mais leur train ne s'arrête plus et tandis que Taichi part vers la gare pour essayer de les sauver, un phénomène étrange le transporte dans le Monde Digital. Il fait alors la connaissance de son nouveau partenaire, Agumon…

Yûma Tsukumo est considéré comme le « bad-boy » numéro un de son lycée et rêve de devenir un champion du duel de monstres. Un jour, Ryouga Kamishiro, un duelliste qui avait vaincu un autre élève, lance un défi à Yûma suite à ses provocations. Durant le duel, une lumière étrange apparaît, une entité connue sous le nom d'Astral… Une nouvelle aventure commence…

Plusieurs dizaines d'années après la conclusion de Yu-Gi-Oh! GX, le jeu Duel de Monstres a changé ; les « Rinding Duels (Turbo Duels) » révolutionnant les duels dans 5D's. Ces duels sont joués dans des stades géants, et les duellistes font de la moto équipée pour les duels, appelés D-wheel (Duel Runners). Domino City a aussi changé sous la direction du chef des forces de sécurité, Rex Goodwin. De riches et puissantes personnes vivent dans ce qui est maintenant connue comme la Nouvelle Domino City, alors que les plus pauvres ont fui et vivent principalement dans les bas-fonds connus sous le nom de Satellite.

Grâce à la Leo Corporation, dirigée par Reiji Akaba, de nouvelles avancées technologiques, comme la Solid Vision, un système holographique qui donne vie aux Monstres de Duel, donnant aux Monstres une masse physique et des environnements, laisse les joueurs interagir directement avec eux. Cela a donné naissance aux Action Duel, dans lesquels chaque duelliste peut traverser différents environnements pour localiser des Cartes d'Action pour les aider lors d'un moment critique. L'histoire suit Yûya Sakaki, un élève de seconde année au collège You Show Duel School de la ville de Maiami, dont le père a subitement disparu trois années auparavant alors qu'il devait participer à un duel très important. Durant son combat contre le champion actuel des Action Duel, Strong Nishijima, Yûya éveille un nouveau pouvoir de par le biais de son pendentif, connu comme l'Invocation Pendulum.

Après le combat contre Boo, la Terre connait une période de paix. Cependant, le dieu de la destruction, Beerus, vient de se réveiller d'un sommeil de 39 ans avec l'intention d'affronter le Super Saïyen Divin, le guerrier légendaire dont parle une ancienne prophétie exprimée par le Poisson Oracle.

Gon Freeccs a presque douze ans, et son rêve est de devenir hunter (chasseur en anglais). Les hunters sont des aventuriers d’élite qui peuvent être chasseurs de prime, chefs-cuisinier, archéologues, zoologues, justiciers ou consultants dans divers domaines. Son père, Jin Freeccs, qu’il ne connaît pas directement, est l’un des plus grands hunters de son temps. C’est aussi pour le retrouver que Gon veut devenir hunter. Cependant l’examen de hunter, qui a lieu chaque année, est extrêmement difficile et périlleux. On dit qu’un candidat sur 10 000 arrive sur le lieu des épreuves et qu’un seul candidat tous les 3 ans devient hunter à sa 1ère tentative. Durant les épreuves, il n’est pas rare d’être blessé, voire tué par des monstres, des pièges ou même d’autres concurrents…